Difference between revisions of "HTCondor"

Revision as of 05:40, 2 April 2021

HTCondor Batch System 사용법

Tier-3 HTCondor/CentOS7 UI 접속하기

다음과 같이 터미널을 열어서 원격로그인(SSH)으로 접속합니다.

 ssh -X username@cms.knu.ac.kr

Job submit

Job submit을 위해서는 다음과 같이 "condor_submit" 명령어를 사용합니다.

• sleep.sh - 테스트 코드

#!/bin/bash

TIMETOWAIT="10"
echo "sleeping for $TIMETOWAIT seconds"
/bin/sleep $TIMETOWAIT

• sleep.sub - 작업 명세 파일

executable              = sleep.sh
log                     = sleep.log
output                  = outfile.txt
error                   = errors.txt
should_transfer_files   = Yes
when_to_transfer_output = ON_EXIT
queue

• job submit

condor_submit sleep.sub

Job 상태 확인

작업의 상태 확인을 위해서는 "condor_q"명령을 사용합니다.
전체 작업현황을 확인하려면 다음과 같이 실행하면 됩니다.

$ condor_q
-- Schedd: cms02.knu.ac.kr : <155.230.23.72:9618?... @ 07/30/20 16:49:47
OWNER BATCH_NAME    SUBMITTED   DONE   RUN    IDLE  TOTAL JOB_IDS
user001 ID: 51       7/30 16:47      _    100      _    100 51.0-99

Total for query: 100 jobs; 0 completed, 0 removed, 0 idle, 100 running, 0 held, 0 suspended
Total for hanbi: 100 jobs; 0 completed, 0 removed, 0 idle, 100 running, 0 held, 0 suspended
Total for all users: 100 jobs; 0 completed, 0 removed, 0 idle, 100 running, 0 held, 0 suspended

Job 삭제

submit 한 작업을 중간에 취소하기 위해서는 "condor_rm" 명령을 사용합니다.

condor_rm <JOBID>

모든 내 작업을 삭제하려면 다음 명령을 사용합니다.

condor_rm <UserID>

작업 명세 파일 예제

• 단독 실행

$ science.exe infile-A.txt infile-B.txt outfile.txt

• science1.sub - 1개 작업 실행

# science1.sub -- run one instance of science.exe
executable              = science.exe
arguments               = "infile-A.txt infile-B.txt outfile.txt"
transfer_input_files    = infile-A.txt,infile-B.txt
should_transfer_files   = IF_NEEDED
when_to_transfer_output = ON_EXIT
log                     = science1.log
queue

• science2.sub - 40개 작업 실행, Process 번호로 input, output 파일 구분

# science2.sub -- run 40 instances of science.exe
executable              = science.exe
arguments               = "infile-$(Process)A.txt infile-$(Process)B.txt outfile$(Process).txt"
transfer_input_files    = infile-$(Process)A.txt,infile-$(Process)B.txt
should_transfer_files   = IF_NEEDED
when_to_transfer_output = ON_EXIT
log                     = science2.log
queue 40

• science3.sub - 100개 실행 예제. Process 번호로 작업 디렉토리 구분

# science3.sub -- run 100 instances of science.exe, with
#  unique directories named by the $(Process) macro
executable              = science.exe
arguments               = "infile-A.txt infile-B.txt outfile.txt"
should_transfer_files   = IF_NEEDED
when_to_transfer_output = ON_EXIT
initialdir              = run$(Process)
transfer_input_files    = infile-A.txt,infile-B.txt
log                     = science3.log
queue 100

• geant4 실행 예제

$ cat run_geant4.sh
#!/bin/bash

source /cvmfs/sft.cern.ch/lcg/contrib/gcc/8.3.0/x86_64-centos7/setup.sh
source /cvmfs/geant4.cern.ch/geant4/10.6/x86_64-centos7-gcc8-optdeb/CMake-setup.sh
./$*

$ cat geant4.sub
Universe = vanilla
Log        = geant4_$(ClusterId).log
Output     = geant4_$(ClusterId)_$(ProcId).out
Error      = geant4_$(ClusterId)_$(ProcId).err
Should_Transfer_Files = Yes
When_To_Transfer_Output = ON_EXIT

#Executable = <wrapper_script>.sh
Executable = run_geant4.sh
Transfer_Executable = True
#Arguments = <Geant4 executable> <input file(s)>
Arguments = exampleB1 exampleB1.in
#Transfer_Input_Files = <Geant4 executable>,<input file(s)>
Transfer_Input_Files = exampleB1, exampleB1.in

Queue

위의 예제를 위한 geant4 설치 및 테스트는 여기를 클릭하세요.

Submitting Multiple Jobs with HTCondor

AN INTRODUCTION TO USING HTCONDOR(Todd Tannenbaum) 에서 52p에서부터 72p의 내용을 참고하시기 바랍니다

Singularity를 이용하여 Scientific Linux 6 코드 실행

submit description file에 아래 내용을 추가합니다.

+ContainerOS = "SL6"

혹은 선호하는 이미지가 있다면 아래와 같이 기입합니다.

+SingularityImage = "/cvmfs/singularity.opensciencegrid.org/cmssw/cms:rhel6-m202001

create-batch 사용

create-batch를 경북대 부분을 condor로 변경하여 create-batch2라는 이름으로 저장해두었습니다. condor에서는 --queue cms 옵션은 필요하지 않습니다.
torque system을 당분간 운영하는 기간동안 임시로 이렇게 사용하고 condor로 완전히 전환이 되면 create-batch에 수정사항을 반영요청하겠습니다.

• create-batch 사용법으로 가기

전체 작업 현황 살펴보기

$ condor_status -schedd
Name            Machine         RunningJobs   IdleJobs   HeldJobs

ce01.knu.ac.kr  ce01.knu.ac.kr            2          0          0
cms02.knu.ac.kr cms02.knu.ac.kr         211       1134          0

                TotalRunningJobs      TotalIdleJobs      TotalHeldJobs


         Total               213               1134                  0

주의사항

• 작업이 실행 중에 죽는 경우

Dynamic slot으로 인해서 일부 연산노드에서는 기본 설정에서 메모리 부족으로 작업이 죽는 경우가 발생할 수 있습니다.
다음과 같이 requset_memory 옵션으로 요구 메모리를 지정해주시기 바랍니다. 특히 많은 메모리를 사용하는 작업이라면 반드시 지정해 주어야합니다.

request_memory = 4 GB

참고 자료

• HTCondor Quick Start Guide 위의 예제를 작성할때 참고한 자료로 처음에 시작하는 사용자가 참고하기 좋습니다.
• AN INTRODUCTION TO USING HTCONDOR(Todd Tannenbaum) HTCondor의 동작에 대한 기본적인 이해와 다양한 기능들을 살펴보기 좋은 자료입니다.