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Storage Element Tutorial

CRAB 등을 사용하여 얻은 데이터를 보관할 수 있는 저장 공간을 Storage Element (SE)라 합니다. 이곳에 데이터를 저장하기 위해서는 몇가지 특수한 명령어를 사용해야 합니다.

[주의 : tcsh, csh 등 에서 관련 명령어를 사용할 때, 경로 인자에 반드시 " " 를 사용해주시기 바랍니다.]

Overview

UI에 로그인 했을 때 일반 사용자가 읽고 쓸수 있는 저장공간은 다음과 같이 3가지 종류가 있습니다.

종류 경로 지원 프로토콜 총용량 사용자당 용도 비고
UI 사용자 홈 /u/user/{knu_id} nfs 20 TB 200 GB 프로그램 설치
사용자 기본 작업공간 		RAID6
SE 사용자홈 srm: srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/{cern_id}
dcap: dcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/{cern_id}
gsidcap: gsidcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/{cern_id}
xrootd: root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/{cern_id}/
nfs: /pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/{cern_id}
nfs: /u/user/{knu_id}/SE_UserHome -----> /pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/{cern_id} 		srm, gridftp,
dcap, gsidcap,
xrootd,
nfs (UI에서만, 연산노드X) 		1.29 PB 4 TB 데이터 보관
대용량데이터처리
프로그램설치X 		dCache, RAID6
스크레치 /d/scratch
/d1/scratch
/d2/scratch
/d3/scratch
/u/user/{knu_id}/scratch -----> /d?/scratch/{knu_id} 		nfs 16 TB 임시 작업용
중요데이터 보관X 		Single Disk
Software RAID
  • dcap(dCache access protocol): 인증이 필요없는 읽기 전용의 프로토콜입니다. 속도가 빠릅니다. 경북대 내부에서만 사용할수 있습니다.
  • gsidcap: 그리드 인증이 필요한 dcap 프로토콜입니다. 읽기 쓰기가 모두 가능하며 경북대 내외부에서 모두 사용할 수 있습니다.
  • SE에 저장되어 있는 데이터셋은 연산노드에서 dcap 프로토콜을 이용하여 읽을 수 있습니다. NFS는 UI에서만 사용가능합니다.
  • CERN ID와 KNU ID가 다른 사용자는 SE 사용자 홈디렉토리에 CERN ID를 기준으로 디렉토리가 생성됩니다.
  • {knu_id}는 경북대에서 발급받은 ID, {cern_id}는 CERN에서 발급 받은 ID를 의미합니다. 일부 사용자들은 두 ID가 일치 하지 않습니다.
  • 경북대 계정 신청시 CERN ID가 없는 사용자는 계정발급 직후 SE 사용자 홈디렉토리가 없을 겁니다. CERN ID를 발급 받은 후에 별도로 연락주세요.
  • 현재는 저장공간의 사용자당 최대 사용량이 시스템적으로 설정되어 있지는 않습니다. 그러나 원활한 이용을 위하여 초과해서 사용이 필요한 경우에는 사전에 관리자와 협의를 부탁드립니다.
  • 저장공간이 부족해질 경우 개인 사용량을 최과하는 사용자를 대상으로 사용햐지 않는 데이터의 정리를 요청하고 있습니다. 파일의 삭제 가능 여부와 상관없이 반드시 답장을 해주시기 바랍니다.
  • 스크레치 저장공간은 불필요한 데이터를 수시로 정리해주시고 장기 보관이 필요한 데이터는 SE로 이동 부탁드립니다.
  • 스크레치 디스크는 임시작업용 저장공간입니다. 데이터 손실에 대한 안전장치가 전혀 없으므로 절대 데이터 보관용으로 사용해서는 안됩니다.

voms 인증

  • SE는 voms 인증 후 사용할수 있습니다. 
$ voms-proxy-init --voms cms

voms 인증 정보 확인

  • voms 인증 정보는 다음 명령어로 확인할 수 있습니다. 
$ voms-proxy-info --all
voms-proxy-info --all
subject   : /DC=ch/DC=cern/OU=Organic Units/OU=Users/CN=gdhong/CN=000000/CN=Gildong Hong/CN=00000000
issuer    : /DC=ch/DC=cern/OU=Organic Units/OU=Users/CN=gdhong/CN=000000/CN=Gildong Hong
identity  : /DC=ch/DC=cern/OU=Organic Units/OU=Users/CN=gdhong/CN=000000/CN=Gildong Hong
type      : RFC3820 compliant impersonation proxy
strength  : 1024
path      : /tmp/x509up_u77420
timeleft  : 11:59:52
key usage : Digital Signature, Key Encipherment
=== VO cms extension information ===
VO        : cms
subject   : /DC=ch/DC=cern/OU=Organic Units/OU=Users/CN=gdhong/CN=000000/CN=Gildong Hong
issuer    : /DC=ch/DC=cern/OU=computers/CN=voms2.cern.ch
attribute : /cms/Role=NULL/Capability=NULL
timeleft  : 11:59:54
uri       : voms2.cern.ch:15002

주의해야할 부분은 VO cms extension information 부분입니다. 만약 VO cms extension information 부분이 출력되지 않는다면 --voms cms 옵션을 정확하게 입력하였는지 자신의 cms vo가 만료된건 아닌지 확인 해야합니다.

T3_KR_KNU의 Computing Resource 실시간 조회하기 (CPU, Disk 자원 조회)

  • UI 에서 "knuinfo" 명령어를 실행합니다.
$ knuinfo
$
-----------------------------------------------------------------------------------------
   CPU    Free Total Jobs      Running Waiting ComputingElement
   161      99         62           62       0 cluster118.knu.ac.kr:8443/cream-pbs-cms
-----------------------------------------------------------------------------------------
 Avail Space(kB)  Used Space(kB)  Type  SE
    125508644406    644170969874  SRM   cluster142.knu.ac.kr
-----------------------------------------------------------------------------------------

SE(Storage Element)의 사용자 디렉토리 경로

$ srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile
$ dcap://cluster142.knu.ac.kr/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile
$ gsidcap://cluster142.knu.ac.kr:22128/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile

참고사항:
- 위의 예시에서 username은 향후 publish 할 경우를 대비하서 경북대 ID가 아니라 CERNID를 사용해야 합니다.
- 만약에 본인의 디렉토리가 만들어져 있지 않는 경우에는 관리자에게 연락바랍니다.


test.file 파일의 SE 및 local 디렉토리로 복사하기

$ gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile     srm://cluster142/.../DestFile
$ gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile     file:////u/user/(username)/.../DestFile
$ gfal-copy gsidcap://cluster142.knu.ac.kr:22128/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile     file:////u/user/(username)/.../DestFile


xrootd 를 활용한 SE Data 접근 방법

dcap을 이용한 SE Data 접근 방법

UI에서 NFS로 마운트된 스토리지 엘리먼트 사용하기

root에서 SE Data 접근 방법

  • dcap 프로토콜을 이용
# 읽기
$ TFile *f = TFile::Open("dcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root");
$
# 쓰기
$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/dcap
$ root -l
root [0] TFile *f = TFile::Open("gsidcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root", "CREATE");
root [1] f->Close();
root [2] TFile *f2 = TFile::Open("gsidcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root", "RECREATE");
root [3] f2->Close();
root [4] .q
$
  • xrootd 프로토콜을 이용 
# 읽기
$ voms-proxy-init --voms cms
$ TFile *f = TFile::Open("root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.root");
$
# 쓰기
$ voms-proxy-init --voms cms
$ root -l
root [0] TFile *f = TFile::Open("root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.root", "CREATE");
root [1] f->Close();
root [2] TFile *f2 = TFile::Open("root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.root", "RECREATE");
root [3] f2->Close();
root [4] .q
$

복수의 파일을 동시에 전송하기

$ /usr/local/bin/lcgcp_copyfiles list.txt

$ cat  list.txt 
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy1 file:///localdir/sh1
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy2 file:///localdir/sh2
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy3 file:///localdir/sh3
  • lcg_cp는 기본적으로 복수파일 전송을 지원하지 않으나 원본경로 대상경로를 포함하는 목록 파일을 생성한뒤, 위의 스크립트를 사용하면 복수의 파일을 전송할수 있다.


복사가 정상적으로 이루어졌는지 확인 또는 디렉토리의 목록 확인

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)


파일 또는 디렉토리 삭제

$ gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test/test.file
$ gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test
$ lcg-del -d srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test


gfal 명령어 사용 요약

 $ voms-proxy-init --voms cms 로 proxy 생성후 아래 명령어를 수행하시면 됩니다.
 $ 조회 : gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName
 $ 복사 : gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../FileNameSrc    srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../FileNameDest
 $ 삭제 : gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName/FileName
 $ 디렉토리 삭제 : gfal-rm -R srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName
  • 명령어 뒤의 Option은 매뉴얼 페이지를 참고 바랍니다. (ex. man gfal-ls)
  • 1000개 이상의 파일 포함한 폴더 내용 보기 : (ex. 500번째 파일부터 700개의 파일을 보고 싶을 경우) lcg-ls --offset 500 --count 700 srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(DestFoler)
  • gfal-copy에서 "-r" 옵션을 사용하면 디렉토리까지 복사가 가능합니다.


gfal-copy를 이용한 디렉토리 복사

gfal-copy에서 "-r" 옵션을 사용하면 서브 디렉토리까지 한번에 복사가 가능합니다. 다음과 같이 임의의 테스트 디렉토리를 만들었을때 

[hanbi@cms tmp5]$ ll
total 0
-rw-r--r-- 1 hanbi knu  0 Aug 26 17:21 aa
-rw-r--r-- 1 hanbi knu  0 Aug 26 17:21 bb
-rw-r--r-- 1 hanbi knu  0 Aug 26 17:21 cc
drwxr-xr-x 2 hanbi knu 24 Aug 26 17:22 dir1

-r 옵션을 적용해서 다음과 같이 실행하면 (로컬 디스크의 ~/hanbi/tmp5 디렉토리를 SE의 hanbi/tmp5로 복사) 

gfal-copy -r file:////u/user/hanbi/tmp5 srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5

[hanbi@cms ~]$ gfal-copy -r file:////u/user/hanbi/tmp5 srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?    SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5
Mkdir srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5
Copying file:////u/user/hanbi/tmp5/aa   [DONE]  after 0s
Copying file:////u/user/hanbi/tmp5/bb   [DONE]  after 0s
Copying file:////u/user/hanbi/tmp5/cc   [DONE]  after 0s
Mkdir srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5/dir1
Copying file:////u/user/hanbi/tmp5/dir1/dd   [DONE]  after 0s
Copying file:////u/user/hanbi/tmp5/dir1/ee   [DONE]  after 0s
[hanbi@cms ~]$

아래와 같이 하부 디렉토리까지 스토리지 엘리먼트로 전부 전송이 되는 것을 확인 할 수 있습니다. 

[hanbi@cms ~]$ ll /pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5
total 1
-rw-r--r-- 1 hanbi cms   0 Aug 26 17:22 aa
-rw-r--r-- 1 hanbi cms   0 Aug 26 17:22 bb
-rw-r--r-- 1 hanbi cms   0 Aug 26 17:22 cc
drwxr-xr-x 4 hanbi cms 512 Aug 26 17:22 dir1

물론 반대로 스토리지 엘리먼트에서 로컬 하드로 복사도 가능한데, 사용시 주의해야할 점은 SE의 소스 용량을 먼저 확인해서 전송을해야 로컬 하드디스크가 가득차는 것을 방지할 수 있습니다. 

gfal-copy -r srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5 file:////u/user/hanbi/tmp5

소스디렉토리의 크기를 확인하는 방법은 다음과 같이 확인할 수 있습니다. 다만 해당 디렉토리 아래의 크기가 매우 클 경우에는 결과가 나오는데 시간이 오래 결릴수 있습니다. 

du -hs  /pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/tmp5

crab3를 사용한 후 gfal-* 명령어들이 오류가 발생합니다

source /cvmfs/cms.cern.ch/crab3/crab.sh 실행후에 gfal-* 명령어들이 오류가 발생합니다. 

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer
-rw-r--r-- 1   2    2    Oct 12 02:17 4.8M srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer

$ source /cvmfs/cms.cern.ch/crab3/crab.sh

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer
Could not find platform independent libraries <prefix>
Could not find platform dependent libraries <exec_prefix>
Consider setting $PYTHONHOME to <prefix>[:<exec_prefix>]
'import site' failed; use -v for traceback
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/gfal-ls", line 8, in <module>
    from gfal2_util.shell import Gfal2Shell
ImportError: No module named gfal2_util.shell

crab3 에서 사용하는 python 환경변수와 gfal-* 명령어들에 문제를 일으키기 때문입니다. gfal-* 명령어 앞에 " env --unset=LD_LIBRARY_PATH "을 넣어줌으로써 문제를 해결할 수 있습니다. 

$ env --unset=LD_LIBRARY_PATH gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer
-rw-r--r-- 1   2    2    Oct 12 02:17 4.8M srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer


cmsenv 실행후 gfal 명령어들이 정상 동작 하지 않을때

cmsenv 실행후에 다음과 같은 오류가 발생한다면 

Failed to add IO tunnel (libgsiTunnel.so: cannot open shared object file: No such file or directory). Provider: [libgsiTunnel.so].
Error ( POLLIN) (with data) on control line [12]
Failed to create a control line
Failed open file in the dCache.
gfal-copy: error: Input/output error

아래 명령을 먼저 실행해줌으로써 문제를 해결할 수 있습니다. 

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/dcap


no match 오류가 발생할때

  • tcsh에서 ?는 wild card로 인식이 됩니다. 따라서 tcsh을 사용하고 있다면 srm 경로에 반드시 ""를 사용해야 합니다.


srm*, lcg*, gfal* 주요 명령어 비교표

srm* lcg* gfal* 비고
srmls lcg-ls gfal-ls ls
srmcp lcg-cp gfal-copy cp
srmrm lcg-del gfal-rm rm
srmmkdir gfal-mkdir mkdir
srmrmdir lcg-del -d gfal-rm -R rmdir
gfal-cat cat


uberftp를 이용한 Storage Element 사용

WebFTS를 이용한 Storage Element 로의 Data 전송

GNU Parallel & gfap-copy 를 이용한 SE → SE Data 전송

[source]
srm://dcache-se-cms.desy.de:8443//pnfs/desy.de/cms/tier2/store/user/beinsam/test

[target]
srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/test

1) uberftp를 이용하여 gfal-copy 실행 파일 리스트 생성 

$ uberftp -ls -r gsiftp://dcache-door-cms15.desy.de/pnfs/desy.de/cms/tier2/store/user/beinsam/test | grep .root$ | awk {' print "gfal-copy srm://dcache-se-cms.desy.de:8443/"$8"  srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/"$8}' | sed 's/desy.de\/cms\/tier2\/store\/user\/beinsam/knu.ac.kr\/data\/cms\/store\/user\/hanbi/2' > gfal-copy.txt


2) parallel를 이용하여 10개씩 gfal-copy 실행 

$ cat gfal-copy.txt | parallel -j 10

fts-transfer-submit 를 이용한 SE → SE Data 전송

[source]
srm://dcache-se-cms.desy.de:8443//pnfs/desy.de/cms/tier2/store/user/beinsam/test

[target]
srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/hanbi/test


1) uberftp를 이용하여 파일 리스트 파일 생성. 

$ uberftp -ls -r gsiftp://dcache-door-cms15.desy.de/pnfs/desy.de/cms/tier2/store/user/beinsam/test | grep .root$ | awk {' print "srm://dcache-se-cms.desy.de:8443/"$8"  srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/"$8}' | sed 's/desy.de\/cms\/tier2\/store\/user\/beinsam/knu.ac.kr\/data\/cms\/store\/user\/hanbi/2' > copylist.txt

2) fts-transfer-submit 

$ export PATH=/cvmfs/grid.cern.ch/Grid/FTS3/3.7.8/x86_64-slc6-gcc44-opt/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/cvmfs/grid.cern.ch/Grid/FTS3/3.7.8/x86_64-slc6-gcc44-opt/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

$ fts-transfer-submit -s https://fts3-pilot.cern.ch:8446 -f copylist.txt
165b3e94-ac07-11e8-8460-02163e01841b

3) transfer status monitoring 

fts-transfer-status -s https://fts3-pilot.cern.ch:8446 165b3e94-ac07-11e8-8460-02163e01841b

or 

https://fts3-pilot.cern.ch:8449/fts3/ftsmon/
https://fts3-pilot.cern.ch:8449/fts3/ftsmon/#/job/165b3e94-ac07-11e8-8460-02163e01841b

T3_KR_KNU 저장공간(Disk) 활용 분류

* Storage Element (srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/...)
 : 대용량 저장 공간으로 장기간 보관이 가능합니다.
  - PhEDEx를 통해 전송된 DataSet 저장
  - Crab Analysis 이후의 결과파일 저장
    srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/
 : 현재 약 1.29 PB의 공간을 마련하여 운영하고 있습니다.
 : 사용자의 데이터 저장으로 공간이 부족할 경우, 사전 설문을 통해 더 이상 사용하지 않는 과거 데이터의 삭제 요청을 드릴 수 있습니다. 

* User Home Directory (/u/user/...)
 : 기본적인 설정 사항, 사용자가 필요한 소프트웨어 등을 설치 및 보관하는 장소입니다.
 : 약 20 TB 규모의 공간입니다.
 : 모든 사용자가 20 TB를 나누어 사용하므로 용량이 큰 데이터의 보관은 가급적 삼가해 주시기 바랍니다.

* Scratch Disk
 : UI에 총 4개의 임시 저장공간이 있습니다.
  - /d  : 4 TB single Disk
  - /d1 : 2 TB single Disk
  - /d2 : 4 TB single Disk
  - /d3 : Logical Volume ( 2 TB single Disk * 3)
 : scratch disk는 Storage Element와 User Home Directory 영역과 달리 Single Disk로 구성이 되어 있습니다.
 : 개별 Disk의 물리적 장애 발생 시, 데이터의 유실이 발생하므로 중요한 데이터 및 장기 보관 데이터는 반드시 Storage Element로 이동하여 주시기 바랍니다.
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