Difference between revisions of "Storage Element Tutorial"

Revision as of 01:36, 15 June 2017

Storage Element Tutorial

CRAB 등을 사용하여 얻은 데이터를 보관할 수 있는 저장 공간을 Storage Element (SE)라 한다. 이곳에 데이터를 저장하기 위해서는 몇가지 특수한 명령어를 사용해야 한다.

[주의 : tcsh, csh 등 에서 관련 명령어를 사용할 때, 경로 인자에 반드시 " " 를 사용해주시기 바랍니다.]

voms 인증

• voms 인증 후 사용할수 있다.

$ voms-proxy-init --voms cms

T2_KR_KNU의 Computing Resource 실시간 조회하기 (CPU, Disk 자원 조회)

• UI 에서 "knuinfo" 명령어를 실행합니다.

$ knuinfo
$
-----------------------------------------------------------------------------------------
   CPU    Free Total Jobs      Running Waiting ComputingElement
   161      99         62           62       0 cluster118.knu.ac.kr:8443/cream-pbs-cms
   496     127        368          368       0 cluster50.knu.ac.kr:8443/cream-pbs-cms
-----------------------------------------------------------------------------------------
 Avail Space(kB)  Used Space(kB)  Type  SE
    125508644406    644170969874  SRM   cluster142.knu.ac.kr
-----------------------------------------------------------------------------------------

SE(Storage Element)의 사용자 디렉토리 경로

$ srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile
$ dcap://cluster142.knu.ac.kr/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile
$ gsidcap://cluster142.knu.ac.kr:22128/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile

참고사항:
- 위의 예시에서 username은 향후 publish 할 경우를 대비하서 경북대 ID가 아니라 CERNID를 사용해야 합니다.
- 만약에 본인의 디렉토리가 만들어져 있지 않는 경우에는 관리자에게 연락바랍니다.

test.file 파일의 SE 및 local 디렉토리로 복사하기

$ gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile     srm://cluster142/.../DestFile
$ gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile     file:////u/user/(username)/.../DestFile
$ gfal-copy gsidcap://cluster142.knu.ac.kr:22128/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/.../SrcFile     file:////u/user/(username)/.../DestFile

xrootd 를 활용한 SE Data 접근 방법

xrdcp client 사용하기

$ xrdcp root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.file /some/local/path/test.file
  (참조 : http://xrootd.org/doc/prod/Syntax_config.htm)

$ xrdcp /some/local/path/test.file root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.file

libXrdPosixPreload library 사용하기

$ export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libXrdPosixPreload.so 
$ echo “This is a new test” >./test 

$ mkdir xroot://cluster142.knu.ac.kr:1094//store/user/(username)/testdir
$ cp ./test xroot://cluster142.knu.ac.kr:1094//store/user/(username)/testdir/test 

$ cp xroot://cluster142.knu.ac.kr:1094//store/user/(username)/testdir/test ./test1
$ diff ./test1 ./test 

$ rm xroot://cluster142.knu.ac.kr:1094//store/user/(username)/testdir/test
$ rmdir xroot://cluster142.knu.ac.kr:1094//store/user/(username)/testdir

xrdfs 사용하기

$ echo “This is a new test” >./test 
$ cat ./test
“This is a new test”
$ xrdcp ./test xroot://cluster142.knu.ac.kr:1094//store/user/(username)/test
   
$ xrdfs cluster142.knu.ac.kr
[cluster142.knu.ac.kr:1094] / > cd store/user/(username)
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > ls
...
/store/user/(username)/test
...
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > ls test
[ERROR] Server responded with an error: [3012] Error when processing list response: Not a directory: /pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test

[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > cat test
“This is a test”

[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > mkdir testdir
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > ls
...
/store/user/(username)/test
/store/user/(username)/testdir 
...

[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > mv test testdir
[ERROR] Server responded with an error: [3005] Will not overwrite existing file (File exists:/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/testdir).

[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > mv test testdir/test
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > cd testdir
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username)/testdir > ls
/store/user/(username)/testdir/test

[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username)/testdir > rm test
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username)/testdir > cd ..
[cluster142.knu.ac.kr:1094] /store/user/(username) > rmdir testdir
[cluster142.knu.ac.kr:1094] / > quit
Goodbye.

$ xrdfs --help
Usage:
   xrdfs [--no-cwd] host[:port]              - interactive mode
   xrdfs            host[:port] command args - batch mode

Available options:

  --no-cwd no CWD is being preset

Available commands:

  exit
    Exits from the program.

                              tpc           - support for third party copies
                              wan_port      - the port to use for wan copies
                              wan_window    - the wan_port window size
                              window        - the tcp window size
                              cms           - the status of the cmsd
                              role          - the role in a cluster
                              sitename      - the site name
                              version       - the version of the server
    checksumcancel <path>   File checksum cancellation
    checksum       <path>   File checksum
    opaque         <arg>    Implementation dependent
    opaquefile     <arg>    Implementation dependent
    space          <space>  Logical space stats
    stats          <what>   Server stats; <what> is a list
                            of letters indicating information
                            to be returned:
                              a - all statistics
                              p - protocol statistics
                              b - buffer usage statistics
                              s - scheduling statistics
                              d - device polling statistics
                              u - usage statistics
                              i - server identification
                              z - synchronized statistics
                              l - connection statistics
    xattr          <path>   Extended attributes

  rm <filename>
    Remove a file.

  rmdir <dirname>
    Remove a directory.

  truncate <filename> <length>
    Truncate a file.

  prepare [-c] [-f] [-s] [-w] [-p priority] filenames
    Prepare one or more files for access.
    -c co-locate staged files if possible
    -f refresh file access time even if the location is known
    -s stage the files to disk if they are not online
    -w the files will be accessed for modification
    -p priority of the request, 0 (lowest) - 3 (highest)

  cat [-o local file] file
    Print contents of a file to stdout.
    -o print to the specified local file

  tail [-c bytes] [-f] file
    Output last part of files to stdout.
    -c num_bytes out last num_bytes
    -f           output appended data as file grows

  spaceinfo path
    Get space statistics for given path.

dcap을 이용한 SE Data 접근 방법

• dcap 을 이용하여 SE 사용하기

UI에서 NFS로 마운트된 스토리지 엘리먼트 사용하기

• 스토리지 엘리먼트의 NFS 사용 가이드

root에서 SE Data 접근 방법

• dcap 프로토콜을 이용

# 읽기
$ TFile *f = TFile::Open("dcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root");
$
# 쓰기
$ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/dcap
$ root -l
root [0] TFile *f = TFile::Open("gsidcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root", "CREATE");
root [1] f->Close();
root [2] TFile *f2 = TFile::Open("gsidcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root", "RECREATE");
root [3] f2->Close();
root [4] .q
$

• xrootd 프로토콜을 이용

# 읽기
$ voms-proxy-init --voms cms
$ TFile *f = TFile::Open("root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.root");
$
# 쓰기
$ voms-proxy-init --voms cms
$ root -l
root [0] TFile *f = TFile::Open("root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.root", "CREATE");
root [1] f->Close();
root [2] TFile *f2 = TFile::Open("root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.root", "RECREATE");
root [3] f2->Close();
root [4] .q
$

복수의 파일을 동시에 전송하기

$ /usr/local/bin/lcgcp_copyfiles list.txt

$ cat  list.txt 
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy1 file:///localdir/sh1
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy2 file:///localdir/sh2
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy3 file:///localdir/sh3

• lcg_cp는 기본적으로 복수파일 전송을 지원하지 않으나 원본경로 대상경로를 포함하는 목록 파일을 생성한뒤, 위의 스크립트를 사용하면 복수의 파일을 전송할수 있다.

복사가 정상적으로 이루어졌는지 확인 또는 디렉토리의 목록 확인

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)

파일 또는 디렉토리 삭제

$ gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test/test.file
$ gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test
$ lcg-del -d srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test

gfal 명령어 사용 요약

 $ voms-proxy-init --voms cms 로 proxy 생성후 아래 명령어를 수행하시면 됩니다.
 $ 조회 : gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName
 $ 복사 : gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../FileNameSrc    srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../FileNameDest
 $ 삭제 : gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName/FileName
 $ 디렉토리 삭제 : gfal-rm -R srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName

• 명령어 뒤의 Option은 매뉴얼 페이지를 참고 바랍니다. (ex. man gfal-ls)
• 1000개 이상의 파일 포함한 폴더 내용 보기 : (ex. 500번째 파일부터 700개의 파일을 보고 싶을 경우) lcg-ls --offset 500 --count 700 srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(DestFoler)

crab3를 사용한 후 gfal-* 명령어들이 오류가 발생합니다

source /cvmfs/cms.cern.ch/crab3/crab.sh 실행후에 gfal-* 명령어들이 오류가 발생합니다.

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer
-rw-r--r-- 1   2    2    Oct 12 02:17 4.8M srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer

$ source /cvmfs/cms.cern.ch/crab3/crab.sh

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer
Could not find platform independent libraries <prefix>
Could not find platform dependent libraries <exec_prefix>
Consider setting $PYTHONHOME to <prefix>[:<exec_prefix>]
'import site' failed; use -v for traceback
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/gfal-ls", line 8, in <module>
    from gfal2_util.shell import Gfal2Shell
ImportError: No module named gfal2_util.shell

crab3 에서 사용하는 python 환경변수와 gfal-* 명령어들에 문제를 일으키기 때문입니다. gfal-* 명령어 앞에 " env --unset=LD_LIBRARY_PATH "을 넣어줌으로써 문제를 해결할 수 있습니다.

$ env --unset=LD_LIBRARY_PATH gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer
-rw-r--r-- 1   2    2    Oct 12 02:17 4.8M srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/test/test.transfer

cmsenv 실행후 gfal 명령어들이 정상 동작 하지 않을때

cmsenv 실행후에 다음과 같은 오류가 발생한다면

Failed to add IO tunnel (libgsiTunnel.so: cannot open shared object file: No such file or directory). Provider: [libgsiTunnel.so].
Error ( POLLIN) (with data) on control line [12]
Failed to create a control line
Failed open file in the dCache.
gfal-copy: error: Input/output error 

아래 명령을 먼저 실행해줌으로써 문제를 해결할 수 있습니다.

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/dcap 

no match 오류가 발생할때

• tcsh에서 ?는 wild card로 인식이 됩니다. 따라서 tcsh을 사용하고 있다면 srm 경로에 반드시 ""를 사용해야 합니다.

srm*, lcg*, gfal* 주요 명령어 비교표

uberftp를 이용한 Storage Element 사용

• uberftp 사용법으로 가기

WebFTS를 이용한 Storage Element 로의 Data 전송

• WebFTS 사용법으로 가기

Tier-2 저장공간(Disk) 활용 분류

* Storage Element (srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/...)
 : 대용량 저장 공간으로 장기간 보관이 가능합니다.
  - PhEDEx를 통한 DataSet 저장
  - Analysis 이후의 결과파일 저장
 : 현재 약 830 TB의 공간을 마련하여 운영하고 있습니다.
 : 사용자의 데이터 저장으로 공간이 부족할 경우, 사전 설문을 통해 더 이상 사용하지 않는 과거 데이터의 삭제 요청을 드릴 수 있습니다. 

* User Home Directory (/u/user/...)
 : Tier-2 UI에 로그할 경우 기본적인 설정사항 등을 보관하는 장소입니다.
 : 약 9 TB 규모의 공간입니다.
 : 모든 사용자가 9 TB를 나누어 사용하므로 용량이 큰 데이터의 보관은 가급적 삼가해 주시기 바랍니다.

* Scratch Disk
 : UI에 총 4개의 임시 저장공간이 있습니다.
  - /d  : 2 TB single Disk
  - /d1 : 2 TB single Disk
  - /d2 : 2 TB single Disk
  - /d3 : Logical Volume ( 2 TB single Disk * 3)
 : scratch disk는 Storage Element와 User Home Directory 영역과 달리 Single Disk로 구성이 되어 있습니다.
 : 개별 Disk의 물리적 장애 발생 시, 데이터의 유실이 발생하므로 중요한 데이터 및 장기 보관 데이터는 반드시 Storage Element로 이동하여 주시기 바랍니다.