Difference between revisions of "How to use Tier2 at KNU"

Revision as of 03:46, 3 June 2015

Pre-requisites

KNU Tier-2를 이용하기 위해서는 Grid 환경에 접속하기 위한 인증서를 공식 인증 사이트를 통해 획득한 후 LCG VO에 등록하고 KNU Tier-2에 사용계획서 및 유저 등록을 통해 계정을 부여받는다.

1. CERN 및 CMS User 등록

 CERN & CMS User Registration

2. Certificate

 CERN 인증서 웹사이트에 접속하여 Certificate를 발급받는다.

 Certificate가 발급되면 인증서를 개인 PC 웹브라우저에 Import 한 후, 
 Import된 인증서를 웹브라우저 설정 메뉴 중 Public key 관련탭에서 개인 PC로 Export할 수 있다. 
 (인증서를 Export할 시 확장자는 ".Pfx"로 선택하시기 바랍니다.)

 Export된 인증서 파일은 cms UI(cms.knu.ac.kr)의 본인 디렉토리에 복사한 후
 아래의 순서대로 인증서와 키를 만들어 .globus 디렉토리에 넣으시기 바랍니다.
  $ mkdir .globus
  $ openssl pkcs12 -in usercert.pfx -clcerts -nokeys -out .globus/usercert.pem
  $ openssl pkcs12 -in usercert.pfx -nocerts -out .globus/userkey.pem
  $ chmod 644 .globus/usercert.pem
  $ chmod 400 .globus/userkey.pem

3. VO(Virtual Organisation) 등록

  CERN Certificate를 다운로드 받은 웹브라우저(인증서가 import 되어 있는)로
  LCG CMS VO에 접속하여 인증서를 등록. (참고: VO 등록방법 안내 자료)
  이메일등 신상 정보를 입력하고, role을 선택한 후 신청서를 제출하면, 담당자가 등록 결과를 이메일로 보내줌. CMS VO 등록 여부 확인 홈페이지

4. Getting KNU Tier-2 Account

<<Account 발급 전, 자주 하는 질문>>
Q : CMS에서 처음 일하게 되어 전반적인 연구 내용을 잘 모릅니다. 신청서 내용 작성에 어려움이 많습니다. 어떻게 하면 좋을까요?
A : CMS 신규 사용자의 경우 연구 내용을 잘 모를 수 있고, 컴퓨팅 자원에 대한 지식이 부족할 수 있습니다.
사용계획서 내의 예시를 보시고 작성하실 수 있는 부분을 간략히 적으시면 됩니다.
잘 모르는 부분은 빈란으로 두셔도 되지만, 가능하다면 연구실 선임께 여쭤보시는 방법도 좋습니다.

Q : 연구 계획서에서 앞으로 사용할 (CPU, Disk) 사용량을 적어 냈는데요, 반드시 이 범위 내에서만 사용해야 하나요?
A : 연구를 진행하시면서 연구 계획이 구체화되고 이에 따라 자원의 필요량이 증가하시면, Tier-2 연락처를 통해 미리 말씀해 주시면 필요한 자원의 할당을 준비해 드리겠습니다.
대량의 연구자원을 갑작스럽게 요청하시면 자원 할당에 시간이 다소 소요될 수 있습니다.

Q : 초기에 제출한 전산자원 사용량을 초과하여 사용할 경우 불익이 있나요?
A : 개인 용량을 다소 초과하셔도 불익은 없습니다. 다만 추가 사용량이 큰 경우 협의를 통해 조정하시기 바랍니다.

Q : 연구의 내용이 확장되어 더 많은 자원을 필요로 합니다. 이런 경우 어떻게 해야 하나요?
A : 연구계획 수정 내용을 추가로 작성/제출하시면 됩니다.
Tier-2 에서 보유하고 있는 여유 전산자원에 따라, 필요하신 자원의 준비에 다소 시간이 소요될 수 있으니 시간적 여유를 두시고 신청해 주시면 감사하겠습니다.

(기타 궁금하신 부분이 있으시면 언제든 연락 주시면 안내해 드리겠습니다.)

  1) KNU Account Registration 웹페이지에서 신청서를 작성, 제출한다.
  2) 사용계획서(hwp)를 작성하여 e-mail(lcg_knu@knu.ac.kr)로 발송한다.
  
  발급 받은 임시 비밀번호를 이용해 KNU Tier-2 UI에 접속한 후 그리드 프록시가 정상적으로 생성되는지 확인한다.
  (임시 비밀번호는 아래 안내문을 참고해서 반드시 변경하십시오)
  $ voms-proxy-init --voms cms
  Your identity: /DC=ch/DC=cern/OU=Organic Units/OU=Users/CN=XXXXXXXX    <--------- DN(distinguished name)

5. SiteDB 등록

  CRAB 이용을 위한 필수 과정인 사용자 DN의 SiteDB 등록이 자동화 됨.

  - 관련 안내 자료
    SiteDB for CRAB: https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/CMS/SiteDBForCRAB
    사용자 DN 등록 자동화 안내 : https://twiki.cern.ch/twiki/bin/viewauth/CMS/SiteDBForCRAB#Adding_your_DN_to_your_profile

KNU Tier-2 Login

1. Linux 에서 접속하기

터미널을 열어서 원격로그인(SSH)으로 접속한다. 
ssh -X username@kcms-t2.knu.ac.kr( or username@cms.knu.ac.kr, username@cms01.knu.ac.kr)

2. Windows OS 에서 접속하기

Windows OS 에서 linux 서버로 접속하려면 원격 로그인을 사용할 수 있는 특정 프로그램이 필요하다.
   예) Putty(무료), SSH Secure Shell Client (프리웨어 또는 정식 서비스를 찾아 설치가능) - SSH Secure Shell Client 예시 화면
또한, Event display 및 ROOT을 사용하기 위해서는 다음과 같은 X 서버를 별도로 설치하여야 한다.
   예) Xming(무료), Cygwin/X(무료), Hummingbird(유료), Xmanager(유료)

첫 로그인 후 개인 Password 및 shell 설정시 유의사항

1) 패스워드 변경시 passwd 명령을 사용.
$ passwd

[주의 : 비밀번호 변경은 더이상 yppasswd 명령을 사용하지 않습니다.]

2) Login Password는 알파벳, 숫자, 특수문자 등을 섞어서 사용하여 기억하기 쉬우면서도 길게 만드는 것이 해킹방지에 용의하다.
   (간단한 단어 또는 숫자만의 조합은 극히 위험함.)

3) 계정이 발급되었을때 처음 기본 쉘은 tcsh 이다. 기본 shell의 변경은 ypchsh 명령을 이용하여 bash 혹은 zsh 등의 자신이 선호하는 shell로 변경할 수 있다.
$ ypchsh

3. KNU UI 현황

대표 Hostname	세부 Hostname	OS	비고
kcms-t2.knu.ac.kr	cms.knu.ac.kr	SL6	Tier2 UI
kcms-t2.knu.ac.kr	cms01.knu.ac.kr	SL6	Tier2 UI
kcms-t3.knu.ac.kr	cms02.knu.ac.kr	SL6	Tier3 UI
kcms-t3.knu.ac.kr	cms03.knu.ac.kr	SL5	Tier3 UI

CMSSW(CMS Software) Installation

CMSSW 을 설치하기 위해 먼저 설치 환경을 설정한다.

$ source /cvmfs/cms.cern.ch/cmsset_default.csh

bash shell을 사용한다면

$ source /cvmfs/cms.cern.ch/cmsset_default.sh

설치하고자 하는 버전의 CMSSW 를 확인한 후 개인 <working-directroy> 로 이동하여 설치한다. (x.y.z 는 버전을 나타낸다)

$ scramv1 list CMSSW
$ cd <working-directory>
$ scramv1 project CMSSW CMSSW_x_y_z

CRAB(CMS Remote Analysis Builder) Installation

CRAB online manual and tutorial

1. CMS Crab 사용 가이드를 참고하여 Crab을 설치합니다.

2. configure 파일을 설정하여 crab 작업을 실행한다.

3. crab 작업 실행 상황을 모니터링한다.

$ cd <working-directory>
$ crab submit -c crab3config.py
$ crab status

Setting Environment

$ source /cvmfs/cms.cern.ch/cmsset_default.csh

CMSSW 5_X_X 버전(64 bit)을 사용하기 위해서는 아래 환경설정을 추가로 입력

$ set SCRAM_ARCH=slc5_amd64_gcc462

환경 설정시 필수 유의사항

1. CMSSW 환경 설정은 반드시 CMSSW_x_y_z directory 아래에서 시행되어야한다. 
2. CRAB을 사용하는 경우 환경 설정 순서는 반드시 CMSSW 환경설정을 우선하여 시행한다.

CMSSW 환경 설정

$ cd /cvmfs/cms.cern.ch/slc5_amd64_gcc462/cms/cmssw/CMSSW_x_y_z
$ cmsenv (= eval `scramv1 runtime -csh`)

CRAB(CMS Remote Analysis Builder) 환경설정

$ source <working-directory>/CRAB_x_y_z/crab.csh

Starting GRID Job Submission

CRAB(CMS Remote Analysis Builder)이란?

CRAB official documentation

CRAB 사용 및 간단한 명령어

$ cd <working-directory>/CMSSW_x_y_z/src/<data-directory>
$ voms-proxy-init --voms cms
     예)Your proxy is valid until Tue Apr 22 06:03:51 KST 2014
 
CRAB 기본 명령어    
$ crab -create -submit   (Grid job 생성 및 submit) 
$ crab -status           (수행중인 job 의 상태 확인)
$ crab -getoutput        (완료된 job 의 output 을 확인)

crab.cfg 관련 document

http://cmsdoc.cern.ch/cms/ccs/wm/www/Crab/Docs/crab-v2.7.8.html

CRAB 사용시 유의 사항

CRAB_x_y_z/python/crab.cfg, <analysis file(***.py)> 두 파일을 <working-directory>/CMSSW_x_y_z/src/ 디렉토리에 복사한다.
File editing - <analysis file(***.py)> 과 crab.cfg 파일의 input file 이름, output file 이름, # of events 를 반드시 확인해야 한다.
How to use CRAB to publish - https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/CMSPublic/SWGuideCrabForPublication

Modify the crab.cfg
https://twiki.cern.ch/twiki/bin/viewauth/CMS/CrabNewHowTo 사이트 참조
dbs_url_for_publication = "https://cmsdbsprod.cern.ch:8443/cms_dbs_ph_analysis_02_writer/servlet/DBSServlet"

T2_KR_KNU 사이트에 데이터를 저장하려면 crab.cfg 파일 설정을 아래와 같이 바꿔줘야 한다.

storage_element = cluster142.knu.ac.kr
storage_path = /srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)

MC sample들을 CMS에 publish 하였는데 CRAB에서 Data를 읽을 수 없는 문제 해결 방법

HyperNewsUserName(User Name)과 CMS의 ID가 다를 경우 상기 문제가 발생합니다.
publication의 설정을 조정하여 해결 가능합니다. (기본 설정은 HyperNewsUserName과 CMS ID가 같은 경우에 정상 동작합니다.)

설정하는 방법은 크게 두 가지로 나뉩니다.

1. Official CMS site
2. non Official CMS site

1의 방법은 HyperNewsUserName과 CMS ID가 같은 경우에 정상 동작합니다.
만약 HyperNewsUserName과 CMS ID가 상이한 경우, 2의 내용과 같이 설정을 바꾸어 주시기 바랍니다.

1. Stage out and publication to a "Official CMS site"
(기본 세팅, HyperNewsUserName과 CMS ID가 같은 경우)

storage_element = T2_KR_KNU
#storage_path = empty
#user_remote_dir = empty

위와 같이 설정하면 srm://cluster142.knu.ac.kr:8443//srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/HyperNewsUserName 에 파일이 저장되고 publish 까지 가능합니다.
하지만 HyperNewsUserName 과 CMS ID가 다른 경우 문제가 발생합니다.
(/store/user/HyperNewsName 에 저장되고 publish 도 할 수 있지만 T2_KR_KNU 에서 자신이 사용하고 있는 ID와 다르므로 Crab에서 사용할 수 없게 됩니다.)

[주의 : storage_path와 user_remote_dir을 활성화하고 내용을 기입해도, 그 설정이 적용되지 않습니다. 그러므로 HyperNewsUserName 과 CMS ID가 서로 다른 분은 반드시 2의 내용대로 설정하셔야 합니다.]

2. Stage out and publication to a "non Official CMS site"
(HyperNewsUserName과 CMS ID가 다른 경우)

storage_element = cluster142.knu.ac.kr
storage_path = /srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms
user_remote_dir = /store/user/CMSID

(참고 : user_remote_dir의 설정 중에 CMSID 는 CMS에서 사용하고 있는 자신의 ID입니다.)

위와 같이 user_remote_dir 가 /store/user 로 시작하면 srm://cluster142.knu.ac.kr:8443//srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/CMSID 에 파일이 저장됩니다.
publish 가 정상적으로 이루어지며, Crab 에서도 파일을 읽을 수가 있습니다.

[추가설정 : 자신의 홈디렉토리 하위 특정 폴더에 데이터를 저장하시려면, CMSID 뒤에 경로를 추가하시면 됩니다.]

How to use KNU Tier-3

1. KNU Tier-3 이용

  Tier-3 Farm은 Tier-2 에 비해서 상대적으로 작은 연산자원을 가지고 있습니다. 많은 양의 job 혹은 무거운 job의 실행은 Tier-2를 이용해 주시기 바랍니다.
  추후 자원 증설 예산을 최대한 반영하여 자원 확보에 노력하겠습니다.

2. Grid 환경에서 작업 실행하기

  기본적인 작업 실행 방법은 기존 Tier-2의 방법과 동일합니다.
  다만, Crab 설정에서
  [GRID]
  ce_white_list = cluster118.knu.ac.kr
  을 추가해 주시면 Tier-3 Farm에 작업이 할당됩니다.

3. 배치 작업(Torque) 실행하기

  1) Tier-3 UI 접속하기
    터미널을 열어서 원격로그인(SSH)으로 접속한다. 
    ssh -X username@kcms-t3.knu.ac.kr( or username@cms02.knu.ac.kr)
  2) 작업 실행하기
    ① 쉘을 bash로 전환한다.
       bash
    ② SCRAM_ARCH를 slc5로 설정한다.
       export SCRAM_ARCH=slc5_ia32_gcc434
    ③ cms 환경을 설정한다.
       source /cvmfs/cms.cern.ch/cmsset_default.csh
    ④ 자신이 작업하고자 하는 CMSSW이 설치된 폴더로 이동한다.
       cd CMSSW_version/src
    ⑤ 실행할 파일을 확인한다.
       scram runtime -sh
    ⑥ 자신에게 맞는 CMSW 버전, 작업 디렉토리, 결과 저장 디렉토리, 이메일 주소 등을 job_template_cmssw에 기록한다. (job_template_cmssw 파일은 작업 할당 폴더에 위치 시킨다.)
       참조 : http://www.physics.purdue.edu/Tier2/files/job_template_cmssw.txt
    ⑦ createjobs 파일을 생성하고 읽기, 쓰기, 실행 권한을 부여한다.
       참조 : http://www.physics.purdue.edu/Tier2/files/createjobs.txt
    ⑧ 작업을 실행(submit)한다.
       ./createjobs.sh jobname #event #job #submitjob cfgfilename nameofcluster
    ⑨ 실행(submit)한 작업의 상태를 관찰한다.
       qstat cms
  ※주의 : 배치 작업(Torque) 실행은 Tier-3에서만 가능합니다.

CRAB Feedback & CMS Computing Manual

CRAB 사용시 발생하는 문제점 및 해결방법은 아래 사이트를 참조

https://hypernews.cern.ch/HyperNews/CMS/get/crabFeedback.html

CMS Computing Manual

https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/CMSPublic/WorkBook

Storage Element (SE) Manual

CRAB 등을 사용하여 얻은 데이터를 보관할 수 있는 저장 공간을 Storage Element (SE)라 한다. 이곳에 데이터를 저장하기 위해서는 몇가지 특수한 명령어를 사용해야 한다.

[주의 : tcsh, csh 등 에서 관련 명령어를 사용할 때, 경로 인자에 반드시 " " 를 사용해주시기 바랍니다. ]

1) voms 인증 후 사용할수 있다.

$ voms-proxy-init --voms cms

2) SE의 사용자 디렉토리

$ srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)

3) 로컬 디렉토리의 test.file 파일을 SE의 사용자 디렉토리로 복사하기

$ gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../SrcFile     srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../DestFile
$ gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../SrcFile     file:////u/user/DestFile
$ gfal-copy gsidcap://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../SrcFile     file:////u/user/DestFile

4) xrootd 를 활용한 SE Data 접근 방법

$ xrdcp root://cluster142.knu.ac.kr//store/user/(username)/test.file /some/local/path/test.file
  (참조 : http://xrootd.org/doc/prod/Syntax_config.htm)

5) root에서 SE Data 접근 방법

$ TFile *f = TFile::Open("dcap://cluster142.knu.ac.kr//pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test.root");

6) 복수의 파일을 동시에 전송하기

$ /usr/local/bin/lcgcp_copyfiles list.txt

$ cat  list.txt 
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy1 file:///localdir/sh1
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy2 file:///localdir/sh2
srm://myhost.mydomain.edu:8443//dir1/dir2/sh-copy3 file:///localdir/sh3

lcg_cp는 기본적으로 복수파일 전송을 지원하지 않으나 원본경로 대상경로를 포함하는 목록 파일을 생성한뒤, 위의 스크립트를 사용하면 복수의 파일을 전송할수 있다.

7) 복사가 정상적으로 이루어졌는지 확인 또는 디렉토리의 목록 확인

$ gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)

8) 파일 또는 디렉토리 삭제

$ gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test/test.file
$ gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test
$ lcg-del -d srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/(username)/test

저장공간은 모든 유저들이 공유하는 공간이므로 절대 다른 유저의 디렉토리를 함부로 건드려서는 안된다. (작업은 반드시 사용자의 디렉토리에서 )
너무 오랜기간 파일들을 방치함으로써 저장공간을 포화상태로 만들어서는 안된다.

9) gfal 명령어 사용 요약

 $ voms-proxy-init --voms cms 로 proxy 생성후 아래 명령어를 수행하시면 됩니다.
 $ 조회 : gfal-ls -Hl srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName
 $ 복사 : gfal-copy srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../FileNameSrc    srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/.../FileNameDest
 $ 삭제 : gfal-rm srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName/FileName
 $ 디렉토리 삭제 : gfal-rm -R srm://cluster142.knu.ac.kr:8443/srm/managerv2?SFN=/pnfs/knu.ac.kr/data/cms/store/user/MyAccount/FolderName

명령어 뒤의 Option은 매뉴얼 페이지를 참고 바랍니다. (ex. man gfal-ls)

10) no match 오류가 발생할때

tcsh에서 ?는 wild card로 인식이 됩니다. 따라서 tcsh을 사용하고 있다면 srm 경로에 반드시 ""를 사용해야 합니다.

11) srm*, lcg*, gfal* 주요 명령어 비교표

srm*	lcg*	gfal*	비고
srmls	lcg-ls	gfal-ls	ls
srmcp	lcg-cp	goal-copy	cp
srmrm	lcg-del	gfal-rm	rm
srmmkdir		gfal-mkdir	mkdir
srmrmdir	lcg-del -d	~~gfal-rm -R~~	rmdir
		gfal-cat	cat

@@ Line 129: / Line 129: @@
 [https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/CMSPublic/SWGuideCrab CRAB online manual and tutorial]
-위 링크사이트의 CRAB releas note 부분을 참조하여 CRAB tar ball file 을 다운로드 받는다.
+. CMS Crab 사용 가이드를 참고하여 Crab을 설치합니다.
-다운로드 받은 파일을 <working-directory> 로 옮겨 압축을 풀고 설치한다.
+. configure 파일을 설정하여 crab 작업을 실행한다.
+. crab 작업 실행 상황을 모니터링한다.
   $ cd <working-directory>
-  $ tar vfx CRAB_x_y_z.tgz
+  $ crab submit -c crab3config.py
-  $ cd <working-directory>/CRAB_x_y_z
+  $ crab status
- $ ./configure
 == Setting Environment ==

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Revision as of 03:46, 3 June 2015

Contents

Pre-requisites

KNU Tier-2 Login

CMSSW(CMS Software) Installation

CRAB(CMS Remote Analysis Builder) Installation

Setting Environment

Starting GRID Job Submission

How to use KNU Tier-3

CRAB Feedback & CMS Computing Manual

Storage Element (SE) Manual

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